中華人民共和國交通運輸部公告 2008年第38號
根據(jù)《海峽兩岸海運協(xié)議》以及相關法律、行政法規(guī)、規(guī)章的規(guī)定，現(xiàn)將海峽兩岸海上客貨直接運輸?shù)膶嵤┦马椆嫒缦拢?
一、管理模式
兩岸間航運業(yè)務實行特殊管理，交通運輸部對經營兩岸間航運業(yè)務的航運公司和營運船舶實施行政許可。
二、航運公司
在兩岸注冊的兩岸資本且具有企業(yè)法人資格的航運公司，經許可后，方可從事兩岸間海上直接運輸業(yè)務。
三、營運船舶
從事兩岸間海上直接運輸業(yè)務，須使用兩岸資本并在兩岸登記的船舶。直航船舶在進出直航港口期間，應符合《海峽兩岸海運協(xié)議》關于船舶識別的約定。
四、直航港口
海峽兩岸直航港口名單見附件，今后將根據(jù)實際需要，適時增加直航港口。
五、申請程序
在大陸注冊的航運公司申請經營兩岸間航運業(yè)務，應當向交通運輸部報送申請文件，同時將申請文件抄報公司所在地的省、自治區(qū)、直轄市交通運輸主管部門。
其他航運公司應當委托其在大陸的船舶代理人，向交通運輸部報送申請文件。
六、申請文件
申請經營兩岸間航運業(yè)務的航運公司，應當提交下列文件：
（一） 申請書（須經公司法定代表人簽署）；
（二）營業(yè)執(zhí)照復印件和公司旗標識彩色圖案；
（三）公司安全管理符合證明（DOC證書）復印件；
（四） 船舶資料（包括：船舶登記證書、檢驗證書、安全管理證書等復印件；使用期租或光租船舶的，應提交船舶租賃合同復印件；必要時，需提供兩岸資本證明材料）；
（五） 提單樣本；從事集裝箱班輪運輸?shù)�，應提交航線掛港、班期和運價本；從事旅客運輸（含郵輪運輸）的，還應提交客票樣本。
七、審核時限
交通運輸部自收到齊全、有效的申請文件之日起20日內，決定許可或者不許可，并書面通知申請人。
省、自治區(qū)、直轄市交通運輸主管部門應在收到抄報的申請文件后10日內提出意見報送交通運輸部。
八、許可證書
獲準許可的航運公司及其船舶，由交通運輸部分別核發(fā)新的《臺灣海峽兩岸間水路運輸許可證》和《臺灣海峽兩岸間船舶營運證》，并使用"臺灣海峽兩岸間水路運輸審批專用章"。
班輪航線掛港、營運船舶發(fā)生變更的，航運公司應提前10日申請換發(fā)《臺灣海峽兩岸間船舶營運證》。
原《臺灣海峽兩岸間水路運輸許可證》和《臺灣海峽兩岸間船舶營運證》自2009年1月1日起停止使用。
獲準許可的航運公司及其船舶名單將在交通運輸部網站公布。
九、特別事項
（一）運力投放按照平等參與、有序競爭、雙向直航、互惠互利的原則，結合兩岸貿易、人員往來需求和航運市場狀況，合理安排運力。
（二）兩岸資本并在香港特別行政區(qū)登記的船舶，經許可，可參與兩岸間海上直接運輸，在進出兩岸直航港口期間，其船舶識別方式應符合《海峽兩岸海運協(xié)議》附件第一項的規(guī)定。
（三）本公告發(fā)布前經許可已經從事兩岸試點直航運輸、兩岸三地集裝箱班輪運輸、砂石運輸?shù)膬砂顿Y本的方便旗船，航運公司應向交通運輸部申請?zhí)貏e許可并換發(fā)《臺灣海峽兩岸間水路運輸許可證》和《臺灣海峽兩岸間船舶營運證》后，方可從事兩岸間海上直接運輸。
（四）本公告發(fā)布前經許可已經取得兩岸間不定期船舶運輸經營資格的航運公司，符合直航條件的，應向交通運輸部申請并換發(fā)《臺灣海峽兩岸間水路運輸許可證》和《臺灣海峽兩岸間船舶營運證》后，方可從事兩岸間海上直接運輸；不符合直航條件的，經交通運輸部特別許可，可臨時從事兩岸間海上運輸，保持原有航行模式不變。
（五）未經特別許可，外國航運公司及外國籍船舶不得從事兩岸間航運業(yè)務。經個案特別許可，臨時經營兩岸間單航次貿易貨物運輸?shù)耐鈬竭\公司及外國籍船舶，保持原有航行模式不變。
（六）福建沿海地區(qū)與金門、馬祖、澎湖間海上直航，仍依照《福建沿海地區(qū)與金門、馬祖、澎湖間海上直接通航運輸管理暫行規(guī)定》辦理。
（七）經營兩岸航運業(yè)務，不得有下列行為：以低于正常、合理水平提供運價服務，妨礙公平競爭；在會計賬簿之外暗中給予托運人回扣，承攬貨物；以歧視性價格或其他限制性條件給交易對方造成損害；其他損害交易對方或者損害航運市場秩序的行為。
十、監(jiān)管措施
海事管理機構對從事經營兩岸間航運業(yè)務的船舶依法實施監(jiān)管。對未經許可擅自從事經營兩岸間航運業(yè)務的船舶，海事管理機構不得為其辦理進出港口手續(xù)，對非法從事經營兩岸間航運業(yè)務的船舶依法處罰。交通運輸部將對違規(guī)從事經營兩岸間航運業(yè)務的航運公司及其船舶代理人依法予以查處。
十一、互設機構
兩岸航運公司可在對方設立辦事機構及經營性機構，開展相關業(yè)務。
臺灣航運公司申請在大陸設立經營性機構，按照《關于促進臺灣海峽兩岸海上直航政策措施及實施事項的公告》（交通部2007年第22號公告）規(guī)定辦理。
十二、互免稅收
兩岸航運公司參與兩岸船舶運輸在對方取得的運輸收入，相互免征營業(yè)稅及所得稅。
臺灣航運公司應依照大陸財政、稅務主管部門的相關規(guī)定，辦理大陸的免稅手續(xù)。
十三、聯(lián)系協(xié)商
兩岸海上直航實施中需要進一步細化的事項，由海峽兩岸航運交流協(xié)會和臺灣海峽兩岸航運協(xié)會聯(lián)系協(xié)商后，報請有關單位研究解決。
十四、生效日期
本公告自2008年12月15日起施行。
附件：海峽兩岸海上直航大陸港口（港區(qū)）名單
中華人民共和國交通運輸部（章）
二○○八年十二月十日
附 件
海峽兩岸海上直航大陸港口（港區(qū)）名單
（共計63個）
丹東、大連、營口、唐山、錦州、秦皇島、天津、黃驊、威海、煙臺、龍口、嵐山、日照、青島、連云港、大豐、上海、寧波、舟山、臺州、嘉興、溫州、福州、松下、寧德、泉州、肖厝、秀嶼、漳州、廈門、汕頭、潮州、惠州、蛇口、鹽田、赤灣、媽灣、虎門、廣州、珠海、茂名、湛江、北海、防城、欽州、海口、三亞、洋浦等48個海港，以及太倉、南通、張家港、江陰、揚州、常熟、常州、泰州、鎮(zhèn)江、南京、蕪湖、馬鞍山、九江、武漢、城陵磯等15個河港。
（注：臺灣方面直航港口為11個，包括：基�。ê_北）、高雄（含安平）、臺中、花蓮、麥寮、布袋（先采專案方式辦理）等6個港口，以及金門料羅、水頭、馬祖福澳、白沙、澎湖馬公等5個"小三通"港口。）