本于維護人的健康價值，保障海峽兩岸人民健康權益，促進兩岸醫藥衛生合作與發展，海峽兩岸關系協會與財團法人海峽交流基金會就兩岸醫藥衛生合作事宜，經平等協商，達成協議如下：
第一章 總 則
一、合作領域
雙方同意本著平等互惠原則，在下列領域進行交流合作：
（一）傳染病防治；
（二）醫藥品安全管理及研發；
（三）中醫藥研究與交流及中藥材安全管理；
（四）緊急救治；
（五）雙方同意的其他領域。
二、合作方式
雙方同意以下列方式進行醫藥衛生業務交流與合作：
（一）推動業務主管部門人員定期工作會晤、考察參訪、技術交流及舉辦研討會等；
（二）交換、通報、查詢及公布相關業務資訊、制度規范及實際運作措施；
（三）雙方同意的其他合作方式。
三、聯系主體
本協議議定事項，由雙方相關業務主管部門指定的聯絡人相互聯系實施。必要時，經雙方同意得指定其他單位進行聯系。
本協議其他相關事宜，由海峽兩岸關系協會與財團法人海峽交流基金會聯系。
四、工作規劃
雙方同意分別設置下列工作組，負責商定具體工作規劃、方案:
（一）傳染病防治工作組；
（二）醫藥品安全管理及研發工作組；
（三）中醫藥研究與交流及中藥材安全管理工作組；
（四）緊急救治工作組；
（五）檢驗檢疫工作組；
（六）雙方商定設置的其他工作組。
各工作組應于本協議生效后三個月內召開會議，商討資訊交換和通報項目、內容、格式、頻率及聯系窗口等相關事宜。
必要時，各工作組得商定變更相關事宜，并得另設工作分組。